植物作為符號象徵的起源可追溯至中世紀的草藥學、文學及宗教著作，《聖經》也為多種樹木、水果和花卉賦予了神聖的含義。從中世紀到文藝復興時期，許多篤信宗教的作家和藝術家都曾借花語詮釋他們虔誠的信仰。英國本篤會會士費德（Bede the Venerable）就曾將聖母瑪利亞比作百合花：「潔白的花瓣象徵她純淨的身體，金燦燦的花葯代表她靈魂的光輝。」因此，百合花便成了純潔無瑕、謙遜淡雅的象徵。

而有些花的花語則來自於人們對於它生活習性的贊賞與寄託，如梅花獨自盛開在冰天雪地、萬物蕭條的冬季，不少有著高潔意志的人便借此暗喻自我的追求，表達內心潔身自好的品質，故有「堅貞不屈、不畏艱難」的花語；還有些花的花語得來相對淺白，只是根據它們名字的諧音而生，這多見於吉祥花卉如大麗花，諧音「大吉大利」，便有「富貴」的花語。

而花語真正盛行的第一波小高潮在十九世紀的法國皇室，在法國的上流社會中，一些作家會寫關於花語的書出版作為禮物贈予給貴族閒暇的女士們下午茶打發時間時使用，而這些花卉的信息也成為了人際交流間表達好意或惡評的方式，拿花和植物作比方寫成詩的文化很快就流行了起來。而當時正值西方畫壇盛行現實主義繪畫，藝術家們逐漸將植物代表的意象固定下來，並發揚光大。Ambrosius Bosschaert 是荷蘭首位植物派畫家，專門從事靜物、花卉的繪畫創作，亦是該流派中最具代表性的人物。他在構圖花卉畫時，經常參考草藥學及植物學文本，畫中將各大陸、各國家的花朵擺放在一個花瓶中，這一設計廣受歐洲貴族階層歡迎。

一種花的花語並非一成不變的，而是隨著不同歷史時期和不同地域文化而不斷地變化著的；如桃花木在古代著名小說《山海經》中就常作為斬妖除魔的法器出現，故而在古代桃花一直有「闢邪」的意味，但是根據文化的變遷，現在桃花更多指代「桃花運」，也就是男女的浪漫邂逅了。